最近在做这个，也不是很会，就当是记录一点学习心得了；如果有错误的地方，请指正。哈哈。

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1.如何使用MEGA创建进化树？

古话说得好，巧妇难为无米之炊（我还想补充一句，巧妇也难为无灶之炊），嘛意思，就是我们首先要准备好自己的序列，当然还有MEGA软件。

1.1序列处理

比对之前，我已经把序列做成了自己想要的样子，主要是名字，名字，名字（懒得后面改了，本文也会说到怎么批量修改ID）

输完序列，当然要保存文件啦，这里我们把记事本文件保存为fasta：文件—另存—保存类型（所有文件）—文件名（XXXXX.fasta)—保存

1.2打开MEGA建树

选择Open A File ，打开刚刚保存的fasta文件。

之后选择Alignment---Align by clustalW----Select all

出现以下界面，我这里采取默认设置未修改参数，点击OK，运行，等待一会儿。

运行完毕后，点击data ---phylogenetic Analysis

之后，我们可以看到这里多了两个小图标。

点击如图下拉栏，可以看到一些选项，点击一个：

出现弹窗，Bootstrap（自展值）可以勾选，“300”--计算次数；我试过1000+，算了好几个小时诶（当时选的ML Tree,第一个选项，算的贼慢；此处选的UPGMA，算得很快；并未深究其算法，先做个树再说。）。设置好了后，点击Compute。

然后，树就建好了，做边是功能区，点点就知道是什么功能了，当然还有上面；之后便是导出文件了，这里推荐导出PDF，可以编辑。

步骤：点击Image --- Save as PDF File (使用PDF编辑器可以修改字体)。

2. Figtree 如何批量修改ID

2.1 MEGA 保存nwk文件

点击File--Newick--出现下面的弹窗

此处勾选这两个勾勾，如果最开始没有设置Bootstrap，这个勾勾是不让选的，点击Export:

保存成功

2.2 安装Figtree

下个软件包，需要java环境。按步骤去做就行。软件打开是这样的：

点击 File ----open----打开保存的nwk文件

2.3建立注释文件

打开我们电脑的记事本，建立一个注释文件：

原始标签用NAME表示，改后的用RENAME表示，然后保存为txt文本文件即可：

回到软件，点击File ----Import Annotations 导入文档

在左边找到 Tip Labels,展开，可以看到RENAME这个选项（没有导入文档前，没有这个选项），点击即可。

3.iTOL 在线网站怎么批量修改ID

3.1保存nwk文件

3.2网址：

Interactive Tree Of Life

3.3主页

点击中间选项，新建一个树：

这里给树取个名字，然后选择文件，然后Upload...

加载完成后，我们点击Help选项，点击Help pages进去：

进去之后，我们点击 Annotating trees，找到 Note Lab..选项，点击，出现以下界面：

我们点击Template file：

把这些文字复制下来，我们粘贴到记事本里：

#代表一种解释，并不是很重要；

没带#的就很重要了，图中画线的就没有带#，英语翻译过来表示用“，”隔开；我不喜欢用“，”，于是我把它改成了：

然后，就是写ID了，方法和上面一样，第一列表示原始ID，第二列表示修改后的：

这里，列举了一个ID。

之后，我们将文本直接拖拽到树上面，运行代码，批量修改ID：

出现下面结果后，保存即可：

（PS:批量修改颜色也类似同样的操作）

4. EvolView

网址：

https://evolgenius.info//evolview-v2/#login

我感觉这个就是个美化比较好用的软件，还有一点就是，它可以和MEGA对接Bootstrap，显示整数自展值：

5.结语

暂时能想到的就这么多了，如果有错误的地方烦请指正哈；发现写文章真累，截图都手软了，哈哈。